• クリアボーナスで作戦許可証を持っているとき、アフリカ侵攻で香が一度許可証を回収したにもかかわらず3Gが許可証をくれるイベントが発生する。(Ver1.03で修正済み)

• きくとの♯イベントで、足軽ユニットになる前でも「足軽やめて忍者に～」という台詞が出る。
• 謙信ルートなど香が足軽ユニットにならない展開でも、魔軍に侵攻して魂縛り関連のイベントが起きると鎧兜姿の香が登場する。

• クリアボーナスのキャラ全選択で不慮の事故で死んだ場合、オープニング戦闘では消えているがその後の会話に登場する。

• 傾国が妊娠後、???の「妊娠中」を放置しておくと、子供が生まれた後の???「俺の子を産んだ女」を見た時、既に出産後なのに「本当に妊娠しているのか」などの出産前の会話が出てくる。（五十六ルート）

• 謙信ルートの帝レース中は発生する冒頭イベントが多い。そのため、短期で帝レースを終わらせると、帝になった後、本来レース中の冒頭イベントである「帝レースだが、順調に勝ち続けているな。～」が発生する。
• 謙信ルートの帝レースに勝利した後も対戦者発見のイベントが起きる。（1.02βで修正済み）
• 謙信ルートの本能寺でのランス対煉獄で、煉獄がカオスの事を知っている。(正史ルートではザビエルはカオスの事を知らない。ハチマキ持って来るなど痒いところに手の届く煉獄が報告しないはずがない。)
• 県政イベントの2～3ターン前に既に佐渡が占領されているにもかかわらず、直江が「まだ織田勢はそこまで到達していないはず」という発言をする（要するにMAZO→佐渡というプレイスタイル前提の発言）
• 武田が滅亡していても村上を助けて武田と戦う、謙信と愛の顔見世イベントが起きる。

• 五十六妊娠後にランス屋敷に行くと五十六とすることがある。

• 配下にした場合、先祖の屏風を渡さないとエッチしないはずだが、信頼状態で、？？？のついていないときに阿樹姫に会うと、ランスに無理矢理連れて行かれる（その後は不明だが、満足度に変化はないことから、無事に逃げられたと思われる）。

• 敵対勢力がなくなったらすぐに宣戦してくる状態にしておいて、そのまま謙信ルートに入って魔軍壊滅まで進めてターン終了すると、既に本能寺に信長は居ないのに「本能寺に放った密偵が殺された」などの話をして宣戦してくる。
• 蘭ルートでもザビエル封印後の宣戦の際に同様の会話が起こる。

• シィルが凍っていてもキャラクリイベントに登場する。
• 武田に便乗して宣戦布告をした場合でも、制圧時のイベントで家康と政宗が「売られた喧嘩」と言う。

• すでに北条は滅んでいるのに、瓢箪の確認に来た天志教の使者（ザビエルの手下）への応対を「北条」の部下がする（ver1.01 正史23ターン目の冒頭イベントで確認）
• 武田を滅ぼすと北条と開戦するイベントがあるが、これは魔軍が発生し北条と和睦をした後でも起きる。(話の流れを見ても和睦後の会戦イベントは不自然。恐らくフラグ立てのミスと思われる。）'（パッチ1.02βで修正済み）'
• 魔軍が発生し北条と和睦をした後でも西条あかねをレイプできる。もちろん北条と戦争状態に入る。

• 仲間になった後のイベントで敵対勢力の土地であるクラガリ峠に陰陽師を派遣する時、全土平定していると矛盾が生じる(敵の領地が存在しないため)
• 陰陽養成機関を建てた後でも仲間になった後のイベントで陰陽養成機関を建てるかどうかの話が出てくる
• ランスが戯骸を倒した後に仲間にすると、仲間になる際の会話で戯骸を倒したい旨を言ってくる。

• 本能寺イベント、及び魔軍イベントを早く進めすぎると、蘭の朱雀イベント前に戯骸の一騎討ちイベントが発生。倒した後に朱雀イベントで蘭が破裂すると、戯骸が再度出現してしまう。(Ver1.03で修正済み)

• 加入イベントの際，美樹の魔王イベントで氷漬けになった後でもシィルが普通に出てくる。
• 謙信ルートでザビエルが信長から出ていった後でも、正式には魔人信長だと言い出す。
• 猿殺しルートで天志教を滅ぼした後、性眼が「信長が魔人になりかけている」という報告を受けるイベントが発生。

• 大決戦を選択しないまま滅ぼすと、支配したあとでも大決戦コマンドが消えず選べてしまう。

• オロチを倒して「風華が消えた」という設定なのに、その後普通に兵力に存在し好感度イベントも行える。オロチ戦に風華出してると消えないらしい。(Ver1.03で修正済み)
• オロチを倒し、名取のキャラクリ会話で巫女機関は解散したと言う台詞が出るが、その後も邪馬台の巫女屋敷で遊べる。(Ver1.03で「ランスが再開した」旨の説明を追加し矛盾解消)

• 島津（魔軍）滅亡後、他勢力に出現したところを捕獲→説得すると滅亡しているにもかかわらず島津への復讐を理由に仲間になる。
• （猿殺しルート）島津が侵攻してきた時、南条蘭が仲間にいなくても、さも仲間であるかのようにイベントで出現する。

島津4兄弟のうち誰でも仲間の時、普通のイベント時も蘭が高確率で出現する。（仲間にしていないくても、死んでいても。）

• 上洛イベント中(留守中)に攻め込んでも、今川本拠地を背景にフツーに開戦イベント。
• 上洛イベント前に京を残して足利を降伏させていても、超神さまが出てくる。

• 毛利が島津に併呑された数ターン後の冒頭イベント（明石からの宣戦布告）で、それまでに毛利と一度も戦っていなくても、風丸が「織田が毛利を打ち負かすだなんて・・・」と語る（ver1.01 蘭ルート）
• ぬへによる二回強制負けのあと三体目のぬへを起こすまでの間に制圧すると、風丸が自害しようとする前に四体目のぬへとなる火鉢の無事を願う台詞が出る。（作戦許可証を使用すると比較的安易に再現できる）

• クリアボーナスで独眼流を仲間にしてスタートした場合、政宗のイベントを進めることでお町が二人になる（ver1.01で修正済み）

• 宣戦可能になったターンに宣戦布告＆攻め入り、龍馬の仲間達を捕獲しても仲間達とのイベントは変わらずに起きる。
• 美禰が毛利の雑兵に絡まれるイベントは「中っ国と毛利の国境」がすでに消滅していても起こる。
• 謙信ルートの帝レースで、龍馬達がタクガ旗揚げ前にザビエルに殺害される事がある。その後、北条領付近に進軍すると、タクガが旗揚げするが初期武将数と兵数が0になっている。龍馬達が再登場するかは未確認。

• 物凄い勢いで南アフリカまで制圧するとすでに魔軍に居ない黒姫や魂縛りが魔軍のイベントに出てくる。

• 小川健太郎が魔人になるイベントを待たずに魔軍を攻略（魔軍の行動は、戦闘になると強制発生していくので、石爺のイベントも発生する）すると、健太郎が魔人として扱われ、シィルが生きているのにそのままのエンディングとなる。

• ちぬが死ぬ前に魔軍と開戦すると、ちぬが生きているのに魔導が存在する（魔導が四兄弟を叱咤するシーン）ことがある。このイベントは戦艦長門を落とすと自動発生する。しかし数ターン後にはちぬから魔導が産まれるイベントが発生してしまうので、ちぬの延命にはならない。

• 蘭でもちぬと同じ現象が起こる。魔軍出現後も北条家が健在だと、蘭のイベントが進行しないまま魔軍に戯骸が出現する。戯骸を倒す→北条家制圧→戯骸復活の順でイベントを発生させると、戯骸と二度戦うはめに。（1.02βで修正済み）
• 戯骸戦でランス1人で出撃しても「おいおい…タイマンだっつったのになんでそっち1人じゃねぇんだよ。」 と言われる

• 風魔の抜け忍イベントで、北条を占領していても偵察に行く。

• 蘭ルート時のザビエル戦で健太郎が日光を装備していない。
• 蘭ルートでザビエル封印後にモロッコでランスを性転換させると、バラバラにされたはずの信長が登場する。
• 健太郎が他勢力に居るイベント後、団子屋で接触するイベント前にその勢力を滅ぼしても団子屋でその勢力に居ると言う。
• 健太郎が敵部隊にいるときに起こる戦闘前の会話イベントを見ずに仲間にした場合、魔王ルートで健太郎がいる魔軍と戦闘するときに発生し、健太郎＆美樹が普段の姿のままで登場。
• 魔王ルート突入後、健太郎くんスラッシュ取得のイベントで魔軍にいるはずの美樹が普段の姿で出てくる
• モロッコ行った後の女ランスになる夢、蘭ルートでも戯骸が出るのもそうですが、女にした龍馬が女性の立ち絵のまま、ランスの処女を散らそうとします。お遊び的イベントだから細かい突っ込みは野暮かもしれませんが、一応。
• 戦姫の敗戦イベントを今川や独眼流相手に起こしても人間の追手がかかる。いつの間に雇ったんだい？今川さんに政宗さん？